نقشه برداری ژنی به معنای تعیین محل کردن ژنها بر روی کروموزومها و تعیین پیوسته یا ناپیوسته بودن آنها بهم می‌باشد. کاربرد اصلی نقشه برداری ژنی درژنتیک پزشکی ، تعیین محل و شناسایی ژنهای بیماری می‌باشد.
دید کلی

دو روش اساسا متفاوت برای جمع بندی نقشه‌های ژنی کروموزومهای انسان وجود دارد. نقشه برداری فیزیکی و نقشه برداری ژنتیکی. نقشه برداری فیزیکی با استفاده از سنجشهایی که نمایانگر فاصله فیزیکی بین ژنهای می‌باشند، محل ژنها را روی جایگاههای خاص در طول کروموزوم تعیین می‌کند. نقشه برداری ژنتیکی از شیوه تجزیه و تحلیل پیوستگی برای تعیین فواصل بین